Identificatie van M. tuberculosis gebeurt via twee detecties. In een eerste detectie wordt DNA specifiek voor het genus mycobacterium opgespoord en in een tweede detectie wordt DNA specifiek voor de M. tuberculosis complex groep opgespoord. Enkel wanneer beide reacties positief zijn wordt de kiem geïdentificeerd als M tuberculosis. Detectie van M. tuberculosis via PCR rechtstreeks op respiratoire stalen heeft een beperkte gevoeligheid wanneer het microscopisch onderzoek negatief is voor zuurvaste bacillen. Uit eigen studies blijkt dat de gevoeligheid in die gevallen tot 50% kan dalen. Deze beperkte gevoeligheid is vooral te wijten aan het kleinere startvolume dat wordt gebruikt bij de PCR. Voor stalen met zuurvaste bacillen bij microscopisch onderzoek ligt de gevoeligheid tussen 90 en 97%. Dit betekent in elk geval dat een negatief resultaat tuberculose niet volledig uitsluit. Vals-positieve resultaten daarentegen zijn zeer zeldzaam.
