Infectie met Cryptosporidium veroorzaakt acute diarree die in principe zelflimiterend is. De infectie kan eveneens asymptomatisch verlopen. De incubatieperiode bedraagt meestal 7 tot 10 dagen.
De diarree kan variëren van zeer intens en waterdun tot matig en intermitterend en gaat vaak gepaard met darmkrampen. De mate van klachten hangt onder andere af van de immuunstatus van de patiënt. Bij immuuncompetente personen verdwijnen de klachten meestal na 2-3 weken, met een maximum van 5 weken, maar bij immuno-incompetenten (o.a. AIDS-patiënten) kunnen ze vele maanden tot zelfs jaren aanhouden.
Cryptosporidium-infecties worden opgelopen via de fecaal-orale route: via direct contact tussen mens en dier, directe overdracht van mens op mens, maar ook indirect door fecaal besmet drinkwater, oppervlaktewater en zwembadwater of via besmet voedsel.